Αλατοπιπερώνουμε τα φιλέτα τσιπούρας μαζί με τις φέτες ντομάτας, λίγο ελαιόλαδο και κρατάμε στο ψυγείο
Σε ένα μεγάλο τηγάνι σοτάρουμε σε ελαιόλαδο τα κρεμμύδια τις πατάτες , προσθέτουμε τα υπόλοιπα υλικά εκτός την ρίγανη , αλατοπιπερώνουμε και ανακατεύουμε καλά από κάτω προς τα πάνω να μην μας σπάσουν οι πατάτες για 5 λεπτά
Σε ένα ταψί μεταφέρουμε όλο το μείγμα με τις πατάτες (κρατάμε το τηγάνι όπως είναι αφήνοντας λίγο σάλτσα και κρεμμύδια ) προσθέτουμε ένα φλιτζάνι νερό ζεστό στο ταψί με τις πατάτες και ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο για 40 λεπτά στους 200 βαθμούς
Στο τηγάνι ρίχνουμε ένα ποτήρι νερό και βράζουμε για 10 λεπτά ανακατεύοντας να πήξει ελαφρά και κρατάμε στην άκρη να το ρίξουμε στο ψάρι όταν έρθει η ώρα
Βγάζουμε μετά τα 45 λεπτά το ταψί και στρώνουμε από πάνω τα φιλέτα τσιπούρας , από πάνω τις φέτες ντομάτας και από πάνω την σάλτσα που έχουμε στο τηγάνι
Ψήνουμε για ακόμη 40 λεπτά στους 180-200 βαθμούς
Τέλος σερβίρουμε με λίγο ελαιόλαδο από πάνω και λίγο ρίγανη και εάν θέλουμε φρέσκο μαϊντανό