Λαδώνουμε και αλατοπιπερώνουμε τις τσιπούρες και τις ντομάτες και τα βάζουμε στο ψυγείο
Σε ένα μεγάλο τηγάνι σοτάρουμε σε ελαιόλαδο τα κρεμμύδια με λίγο αλάτι μέχρι να μαραθούν καλά
Προσθέτουμε τις πατάτες , ανακατεύουμε για λίγο και στην συνέχεια όλα τα υπόλοιπα υλικά (εκτός από το λεμόνι ) και σοτάρουμε για 5 λεπτά εάν στεγνώσει το τηγάνι ρίχνουμε λίγο νερό , αλατοπιπερώνουμε
Μεταφέρουμε όλο το μείγμα με τις πατάτες στο ρηχό μεγάλο ταψί του φούρνου με μισό ποτήρι νερό (αφήνουμε το τηγάνι ως έχει με λίγο σάλτσα και κρεμμύδια )
Ψήνουμε πρώτα τις πατάτες σε προθερμασμένο φούρνο στους 200 βαθμούς για 30 λεπτά
Στο τηγάνι ρίχνουμε 1 ποτήρι νερό , τον χυμό λεμονιού και αφήνουμε να βράσει για 5 λεπτά , ανακατεύουμε παίρνοντας από τα τοιχώματα ότι έχει μείνει, όταν πήξει ελαφρά αποσύρουμε από την φωτιά
Μετά τα 30 λεπτά βγάζουμε τις πατάτες από τον φούρνο , βάζουμε τις τσιπούρες και από πάνω τις ντομάτες και όσες περισσέψουν πάνω στις πατάτες
Περιχύνουμε με τον ζωμό που έχουμε στο τηγάνι και ψήνουμε για ακόμη 40 λεπτά
Σερβίρουμε με ψιλοκομμένο μαϊντανό και λίγο ρίγανη